Запускаем Skype, убеждаемся что отключен автологин (на всякий), видим это:
Жмем меню "Инструменты" и в нем пункт "Проблемы с подключением".
В выпадающем списке выбираем правильный тип прокси, вводим адрес и порт, если нужна авторизация - жмякаем галочку и вводим логин и пароль. Все, ОК, вводите пароль аккаунта и подключайтесь.